Bot és un topònim d'origen ibèric. Són abundants les troballes de punts de pedra i trossos de ceràmica, probablement restes de poblats ibers. La seva excel·lent situació geogràfica vora el riu Canaletes, que permetia el regatge de les terres properes, ha fet que aquest sigui un indret poblat des de molt antic. Probablement, els regs i assuts existien ja en època romana i foren millorats posteriorment pels àrabs.

El lloc de Bot és esmentat el 1153 en la delimitació dels termes del castell de Miravet. Com en la resta dels pobles de la comarca, passà dels templers als hospitalers a través de la comanda d'Horta.

L'any 1640 va ser saquejat i va ser profanada l'església parroquial pels flamencs i valons, mercenaris de l'exèrcit castellà, durant la Guerra dels Segadors.

Durant la 1a. Guerra Carlina, les forces carlines que van assetjar Gandesa es van retirar a Bot. Hi va acudir el capitost Tortoner, perseguit pels liberals (1836), i s'hi van refugiar Cabrera, l'any 1837, quan el general liberal Noguera va anar a socórrer la ciutat assetjada.

Durant la Guerra Civil (1936-1939), mentre va durar la llarga batalla de l'Ebre, el poble no va arribar a ser ocupat pels republicans.